项目设计阶段是建筑新疆克拉玛依工程预算的中心，科学合理的项目设计方案能够对新疆克拉玛依工程预算过程中的整体新疆克拉玛依工程预算进行有效的控制管理，而不合理的项目设计会严重增加企业的工程建设造价成本，给企业带来严重的经济损失，使房地产企业在激烈的市场竞争中处于劣势地位，甚至终退出房地产行业。因此必须作好项目设计阶段的新疆克拉玛依工程预算控制工作。工程设计阶段造价控制方法主要包括通过设计招标的方式选择相对合理的工程设计方案，有利于设计部门利用先进的新疆克拉玛依工程预算技术减少新疆克拉玛依工程预算成本；认真评价工程设计的总图方案和具体的单项方案，准确计算相关的技术经济指标，进行分析比较，从而选出 方案；实行限额设计制度，将工程新疆克拉玛依工程预算的整体设计阶段的经济和技术进行统一。在选择优化工程设计方案时可以通过价值工程理论，既能够符合工程的功能需求又能降低新疆克拉玛依工程预算成本。在工程建筑新疆克拉玛依工程预算过程中，工程建设项目的设计漏洞是经常出现的，由此而引起新疆克拉玛依工程预算费用的增加在各种超预算的影响因素中是排在前列的，设计方案出现漏洞的原因主要有：首先，对某项设计方案与其他的设计方案缺乏对比而出现漏洞的情况是比较普遍的，由于事先缺乏对比，对方案的设计便缺乏一定的科学性及合理性，导致后期的新疆克拉玛依工程预算无法正常进行；其次是设计工作的深度、广度未达标而导致的设计漏洞，这很大程度上与设计人员的专业素质挂钩。